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大学は、学校教育法の定めに従い、自己点検・評価を定期的に実施し、その結果を公表することになっています。したがって、認証評価を受けるときに大学が評価機関に提出する書類（評価機関によって「自己評価書」、「点検・評価報告書」、「自己点検評価書」等と呼び方は異なります。）の内容は、この継続的な自己点検・評価の活動の結果を反映するものになるはずです。

しかし、大学が自らの教育研究活動の目的に則して行う自己点検・評価のために策定した基準と、評価機関がすべての大学を評価するために設定する基準とは、必ずしも同一のものとなるとは限りません。複数の学部からなるいわゆる総合大学と、特定分野の人材養成を目的とする一学部からなるいわゆる単科大学とでは、異なる基準を策定して自己点検・評価を行うものと考えられますが、評価機関の基準はすべての大学を対象としているため、その基準をどのように適用して自己評価書等を作成するかは、総合大学から見ても単科大学から見ても、必ずしも自明ではありません。結果として、大学による自己点検・評価の結果を公表したものをそのまま自己評価書等とすることができるとは限りません。

したがって、評価機関は、自己評価書等の提出に先立って、対象大学と十分なコミュケーションをとって、評価部会が評価しやすい自己評価書を大学が作成することを支援する必要があります。当機構では、自己評価書提出期限の約１年前に実施する自己評価書の作成担当者を対象とする研修に加えて、大学からの基準の解釈等に関する質問に答えるだけでなく、随時、大学が作成した自己評価書案を点検し、必要な事項が記載されているか、評価者にとってわかりやすい資料が提示されているかなどについて、大学に対してその状況に則した研修を行うこととしています。大学に自己評価書を作成する教職員が数多くいるような場合には、機構の教職員が大学に赴いて集合的に研修する場合もあります。

もちろん、このような作業には慎重な配慮が必要です。なぜならば、そのような研修は評価作業に先立って大学ごとに行うために、本来の評価のプロセスでは『実施大綱』『評価実施手引書』等の方針（評価機関によって呼び方は異なります。）によって統制されているはずの大学と機構とのコミュニケーションが、制約なく行われる危険があるからです。たとえば、特定の大学に「このように書いたほうが高く評価される」などという助言をして、他の大学にはしないという可能性が危惧されます。これに対して、当機構では、専門家としての倫理的自覚によって、評価の専門家としての立場からの発言に限定することとして内部的に統制しています。